Понадобилось на сервере изменить список NTP серверов для Chrony, для чего, соответственно, был изменён файл /etc/chrony.conf и указаны новые директивы server. Но после перезапуска демона chronyd в списке (sources) я увидел старый ненужный сервер, что немного ввело в ступор, так как в /etc/chrony.conf он не числился. Удаление через chronyc и команду delete помогало только до перезапуска демона chronyd.
Оказалось что при запуске демона chronyd используется скрипт /usr/libexec/chrony-helper
# This script configures running chronyd to use NTP servers obtained from
# DHCP and _ntp._udp DNS SRV records. Files with servers from DHCP are managed
# externally (e.g. by a dhclient script). Files with servers from DNS SRV
# records are updated here using the dig utility.
Ненужный мне NTP сервер был в файле /var/lib/dhclient/chrony.servers.* сохранившийся от старых настроек сетевого адаптера, когда-то настроенного не на статический адрес, а на DHCP.