После переноса папки /etc/letsencrypt/ со старого сервера на замещающий, новый, начали появляться ошибки в логе:
2024-01-09 15:25:31,715:DEBUG:certbot._internal.display.obj:Notifying user: Processing /etc/letsencrypt/renewal/doamin.ru.conf
2024-01-09 15:25:31,715:ERROR:certbot._internal.renewal:Renewal configuration file /etc/letsencrypt/renewal/doamin.ru.conf is broken.
2024-01-09 15:25:31,715:ERROR:certbot._internal.renewal:The error was: expected /etc/letsencrypt/live/doamin.ru/cert.pem to be a symlink
Skipping.
По тексту ошибки нашёл тему на багтреккере letsencrypt https://community.letsencrypt.org/t/certbot-renew-symlink-fail-error/148611/3
Стало ясно, что в папке /live/domain.ru должны быть симлинки на последние файлы ../../archive/domain.ru/privkey|fullchain|chain|certNUMBER.pem а в моём случае вместо симлинков лежат сами файлы. Возможно, при переносе симлинки не были скопированы, а вместо них файлы, на которые они указывали.
Удаляем в /live/domain.ru все файлы pem (не забываем сделать бекап всей папки /etc/letsencrypt/) и, находясь в данной папке создаём симлинки, указывая крайний номер (у меня 19) файлов из /archive/domain.ru/
ln -s ../../archive/domain.ru/cert19.pem cert.pem
ln -s ../../archive/domain.ru/chain19.pem chain.pem
ln -s ../../archive/domain.ru/fullchain19.pem fullchain.pem
ln -s ../../archive/domain.ru/privkey19.pem privkey.pem
Запускаем certbot update_symlinks и не должны видеть ошибок в консоли или логе.
Пробуем certbot renew , проверяем логи.