Для ограничения размера профиля пользователя в Windows XP/Vista/7 и Windows Server 2003/2008 (также и в R2) можно использовать групповые политики.
Для этого необходимо вызвать оснастку gpedit.msc и перейти в раздел «Конфигурация пользователя\Административные шаблоны\Система\Профили пользователей\Ограничить размер профиля» или английский аналог «User Configuration\Administrative Templates\System\User Profiles\Limit profile size»
В настройках данной политики есть удобная функция оповещения пользователя о превышении указанного лимита.
Чтобы изменения вступили в силу сразу, можно выполнить команду gpupdate /force